狐の頭蓋骨と同じように、トウルカナ・ボーイの頭蓋骨も2つに分かれており、それぞれ別々にスキャンし、後から位置合わせを行いました。位置合わせをできるだけ正確に行うために、2つに分かれた実際の骨を合わせた状態でスキャンし、このスキャンデータを使って、3Dモデルの位置合わせを行いました。その結果、この頭蓋骨の位置は正確で完璧なものとなっています。